交通運輸體制是大部制改革最重要的具體對象。2008年的大部制改革，將公路、水運、航空運輸以及城市交通由交通運輸部統一管理，但鐵道部仍獨立存在。查閱當年的文獻，實業界、學界對鐵道部的去存問題持不同觀點，一部分人認為，要考慮鐵道部的“特殊性”，直接將鐵道部并入，條件尚不成熟；但同樣也有相當一部分人認為，一天不將鐵路像公路、航運、水運一樣整合至一個部門，就無法實現真正的交通運輸部門的大部制改革。多年以來，盡早將鐵道部融入整體框架之內的呼聲越來越強。
    鐵道部的“特殊性”與其獨特的歷史背景和時代經歷密切相關。作為新中國最早成立的部門之一，鐵道部見證著我國從計劃經濟到市場經濟，曾肩負過軍事戰略、公共設施基礎、支持改革開放、促進經濟增長等等關系國計民生的重大使命。獨立時期的鐵道部曾集政、企、資、社乃至公、檢、法于一身。高度合一的鐵道部，近年來的發展過程即為逐漸被如洋蔥一般“層層剝離”的過程。
    如何妥善處理鐵路管理體制的特殊性和改革的復雜性問題，一直是大部門體制的框架內，進一步整合與完善綜合交通運輸行政管理體制的重點和難題。
    構建綜合行政管理體制是我國十七大以來政府改革的一項重要目標和任務。經過過去幾年的探索與實行，已經取得了不小的成就。交通運輸部門作為政府落實宏觀調控政策，實行經濟調控手段的最重要職能部門，自然當然需要出師有名。鐵道部并入交通運輸部，擴大了交通運輸部的職權范圍，對于政府對整個交通運輸行業的宏觀管理、調控具有現實意義。
    從整體來看，筆者認為，鐵路作為最重要的交通運輸手段，將其納入綜合交通運輸體系顯然更為合理。
    第一，鐵道部并入交通運輸部，使得“公鐵聯運”等多式聯運成為可能。
    多年以來，公路和鐵路始終處于競爭模式，然而大物流的發展，需要充分發揮各種運輸方式的優勢，規避其不足，才能實現最優的經濟效益。公路與鐵路的聯運具有相當的必要性。“公鐵聯運”可以更好發揮兩種運輸方式各自的優勢：發揮鐵路自身所具有覆蓋面廣的路網優勢，經營完善的區位優勢以及運輸能力強、成本低的技術經濟優勢；發揮公路運輸機動靈活、簡捷方便、應急性強的效率優勢，以及適應點多、面廣、季節性強的范圍優勢，整合二者的社會資源，互相利用優勢，彼此彌補缺陷，實現效率和利益的雙贏。
    同理，“空鐵聯運”、“海鐵聯運”等多式聯運方式也能有效建立和推廣，降低整個運輸行業的成本，為整個社會帶來福利。
    第二，有利于構建全國交通網。
    我國居民出行量的不斷攀升和日漸興旺的現代物流業對道路交通提出了更高的要求，完善交通運輸體系，構建覆蓋全國的交通網是我國新時期經濟發展的重要影響因素。實現公鐵聯運，為構建完整的全國性交通網提供了有利條件。
    交通運輸無疑是現代物流行業最重要的影響因素。交通運輸部門的大部制改革有利于加強交通運輸領域中，物流管理部門之間的綜合協調，避免政府職能交叉、政出多門、多頭管理，業能改變行業管理政策理念。隨著交通大部制的實施，在一個部門的統一領導下，鐵路、公路、民航、水路等交通資源的配置將會趨于科學合理，有效實現各種運輸方式的對接及利益的均衡。同時，可以進一步完善物流鏈，真正做到貨暢其流。
    當然，看待政府的政策、行為，要持辯證態度，理智對待。既不能片面歌功頌德，也不能自始否認。本次國務院機構、職能改革，總體來講，這次交通運輸部的大部制改革作用積極，但同樣也為帶來了新的風險與挑戰：
    首先，可能形成新的壟斷大部制的政府部門易造成權力集結下某些國企的無限膨脹，物流類、建工類等相關行業極可能形成新的壟斷。而如物流業，對中小企業來說，新的物流壟斷企業將剝奪他們的生存權力。
    其次，可能造成對市場的過度干預。
    對市場的過于操控。水至清則無魚。政府對某一經濟領域的管理如果過于事無巨細，必將扼殺其活力。交通運輸部將具有企業性質的鐵道部納入管理范圍之內，一定程度加強了政府機構對交通運輸行業的市場干預。
    鐵路企業“政企合一”的濃厚色彩使得多年以來鐵路企業內部管理陳舊落后，已經無法適應現實經濟形勢。如何引進創新機制，完善鐵路企業內部管理，提高人員行動和資源利用效率，是鐵路企業需要自我反思的重點。
    我國鐵路裝備設施在世界范圍內，處于較為落后的地位。當前的工作重點是高速鐵路系統技術開發，鐵路行車安全技術保障系統開發，編組站自動化、裝卸作業機械化及貨場設備制造，鐵路客貨運信息系統開發等。
    鐵路具有公共性，政企分開后企業的盈利需求與公共利益之間的平衡點是鐵路運輸部門在參與市場活動時候首先需要考慮的問題。從國際經驗看，英國、法國等國鐵路進行分拆和私營化之后，負債率進一步上升，對國家補助的索取增加，事故率上升，服務質量和安全性反而下降。“靠漲價還債”是這次改革之后不少人的擔憂。2.6萬億元的高負債，2013年6500億元的投資預算，鐵道部“很差錢”。而承擔了債務主體的中國鐵路總公司如何在投資建設和償還債務之間取得平衡，備受關注。